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È stato dimostrato che l'impiego della PQQ sviluppa una particolare sinergia con l'utilizzo dei due nutrienti maggiormente apprezzati per ottimizzare il funzionamento dei mitocondri esistenti: l'acido R-lipoico e l'acetil L-carnitina. Sembra che l'uso concomitante di enzima energetico Q10 possa migliorare significativamente i benefici derivati dall'assunzione di PQQ. Ciò non sorprende, dato il ruolo principale del CoQ10 come "carburante" mitocondriale, per promuovere la respirazione cellulare e aumentare la produzione di adenosina trifosfato (ATP).